Trong kết luận điều tra vụ án xảy ra tại Công ty Xuyên Việt Oil, Cơ quan An ninh điều tra Bộ Công an cáo buộc Mai Thị Hồng Hạnh (Chủ tịch kiêm Giám đốc công ty) có hành vi vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tiền Thuế bảo vệ môi trường, gây thất thoát hơn 1.244 tỷ đồng.
Theo cơ quan điều tra, Thuế bảo vệ môi trường là loại thuế gián thu, thu vào sản phẩm, hàng hóa khi sử dụng gây tác động xấu đến môi trường, trong đó có hàng hóa là xăng, dầu. Người chịu thuế là người tiêu dùng, số tiền thuế được tính vào giá bán hàng hóa, sử dụng dịch vụ và đã đưa cho người bán hàng khi mua hàng để người bán hàng thay người mua nộp vào ngân sách Nhà nước theo định kỳ hàng tháng.
Tuy nhiên, kết luận điều tra chỉ ra, từ tháng 10/2021 đến tháng 7/2022, Xuyên Việt Oil không thực hiện nộp số tiền Thuế bảo vệ môi trường theo quy định và đang nợ hơn 1.244 tỷ đồng (chưa tính lãi phạt chậm nộp). Trong khoảng thời gian trên, Xuyên Việt Oil đã thu hộ Nhà nước số tiền này nhưng Hạnh không thực hiện và cũng không chỉ đạo nhân viên thực hiện việc nộp tiền vào ngân sách Nhà nước.
Thực tế, Hạnh đã chuyển hơn 12.625 tỷ đồng từ tài khoản của Xuyên Việt Oil sang các tài khoản cá nhân của Hạnh để sử dụng vào các mục đích cá nhân. Trong đó, từ tháng 10/2021 đến ngày 21/2/2023, Hạnh rút hơn 1.937 tỷ đồng.
Theo kết luận điều tra, tính đến ngày 20/9/2023, Trung tâm thông tin tín dụng Quốc gia Việt Nam xác định, các công ty của Hạnh đang có dư nợ xấu hơn 6.178 tỷ đồng, riêng Quỹ Bình ổn giá xăng dầu, Xuyên Việt Oil cũng đang nợ hơn 219 tỷ đồng.
Hiện nay, trong 17 tài khoản tại 8 ngân hàng của Hạnh và 19 tài khoản của Xuyên Việt Oil, Bộ Công an cho biết chỉ còn hơn 4 tỷ đồng và hơn 244 USD. Nhà chức trách xác định Hạnh không còn khả năng tài chính để chuyển nộp tiền thuế đang nợ.
Số tiền bị chuyển dịch ra khỏi tài khoản của Xuyên Việt Oil, Hạnh dùng để mua bất động sản đứng tên cá nhân, vay vốn ngân hàng, cho bạn bè vay mượn, đưa hối lộ...
Trong vụ án, cơ quan điều tra xác định nhóm Hạnh hối lộ cho các bị can như Đỗ Thắng Hải (cựu Thứ trưởng Công Thương), Trần Duy Đông (cựu Vụ trưởng Thị trường trong nước, Bộ Công Thương), Hoàng Anh Tuấn và Nguyễn Lộc An (đều nguyên Phó Vụ trưởng Vụ Thị trường trong nước), Lê Đức Thọ (cựu Bí thư Tỉnh ủy Bến Tre) tổng hơn 1,2 triệu USD...
Mai Thị Hồng Hạnh còn bị cáo buộc biếu nhiều đồng hồ xa xỉ thương hiệu Patek Philippe cho một số quan chức. Trong đó, ông Lê Đức Thọ được biếu, tặng 4 chiếc (có chiếc trị giá khoảng 10 tỷ đồng); 1 bộ gậy golf nhãn hiệu Honma, trị giá 1,1 tỷ đồng; 1 xe sang hiệu Mercedes S450 Luxury, trị giá 6,7 tỷ đồng.