Theo ông Âu Anh Tuấn - Phó Cục trưởng Cục Giám sát quản lý về hải quan, thời gian qua, hoạt động kinh doanh TNTX, đặc biệt là hoạt động tái xuất qua cửa khẩu biên giới phía Bắc đang thực hiện không theo đúng bản chất của Luật Thương mại mà các thương nhân Việt Nam chỉ làm dịch vụ cho các thương nhân nước ngoài và hưởng chi phí hoa hồng. Bản chất hoạt động này là các DN Việt Nam chỉ làm dịch vụ vận chuyển hàng hóa qua lãnh thổ Việt Nam cho các đối tác nước ngoài. Chính việc thực hiện như vậy nhưng lại đang được hướng dẫn thực hiện theo loại hình kinh doanh tạm nhập tái xuất nên đã phát sinh nhiều vấn đề bất cập trong công tác quản lý.
Thời gian qua Bộ Tài chính cũng đã có ý kiến tham gia với Bộ Công Thương trong quá trình bộ này chủ trì xây dựng Luật Ngoại thương theo hướng nghiên cứu đưa hoạt động này về đúng bản chất loại hình.

Hiện nay cơ quan Hải quan đang quản lý hoạt động kinh doanh TNTX về cơ bản tương tự như đối với các loại hình xuất khẩu, nhập khẩu thương mại khác. Do vậy, hàng hóa kinh doanh TNTX cũng được cơ quan Hải quan thực hiện kiểm tra theo chế độ quản lý rủi ro và dựa trên cơ sở các nguồn thông tin thu thập tại thời điểm làm thủ tục hải quan. Việc phân luồng được Hệ thống cơ sở dữ liệu điện tử hải quan thực hiện tự động sau khi Hệ thống tự động kiểm tra các tiêu chí thông tin trên tờ khai hải quan. Trường hợp tờ khai hải quan được phân vào luồng Xanh thì hàng hóa được thông quan, cơ quan Hải quan chỉ thực hiện dừng thông quan để kiểm tra thực tế hàng hóa khi có thông tin hàng hóa vi phạm. Trường hợp tờ khai được phân luồng Vàng thì cơ quan Hải quan kiểm tra hồ sơ hải quan; trường hợp các chứng từ thuộc hồ sơ hải quan phù hợp và không có thêm nguồn thông tin vi phạm thì hàng hóa sẽ được thông quan; trường hợp hồ sơ hải quan có nhiều điểm nghi vấn hoặc có thông tin vi phạm thì chuyển luồng để kiểm tra thực tế hàng hóa. Trường hợp tờ khai được phân luồng Đỏ thì hàng hóa chỉ được thông quan sau khi cơ quan Hải quan kiểm tra và kết luận hàng hóa đúng khai báo và quy định của pháp luật.

Về công tác giám sát hải quan đối với hàng hóa kinh doanh tạm nhập tái xuất, tất cả hàng hóa kinh doanh tạm nhập tái xuất đều được giám sát hải quan từ khi tạm nhập cho đến khi tái xuất hết ra khỏi lãnh thổ Việt Nam. Việc giám sát của cơ quan Hải quan được thực hiện theo các phương thức đã được quy định tại các văn bản pháp luật gồm: Giám sát trực tiếp của công chức hải quan; giám sát hải quan bằng niêm phong hải quan; giám sát bằng các phương thức kỹ thuật khác (mô tả chi tiết, chụp ảnh…). Trên thực tế, cơ quan Hải quan áp dụng việc giám sát hải quan bằng niêm phong hải quan trong suốt thời gian hàng hóa được lưu giữ và vận chuyển trên lãnh thổ Việt Nam. Việc áp dụng biện pháp giám sát trực tiếp của công chức hải quan chỉ thực hiện đối với chuyển tải/chia nhỏ container phục vụ vận chuyển hoặc xuất khẩu; trường hợp hàng hóa cồng kềnh, siêu trường, siêu trọng không thể giám sát hải quan bằng phương thức niêm phong hải quan thì thực hiện bằng phương thức kỹ thuật khác như: Mô tả chi tiết, chụp ảnh…