Ngày 25/11, Viện KSND Tối cao ban hành cáo trạng, truy tố 38 bị can trong vụ án mua bán hóa đơn xảy ra tại Công ty TNHH Thành An Hà Nội, Công ty TNHH Thiết bị y tế Danh, Công ty TNHH Thiết bị y tế Tràng Thi và các đơn vị liên quan.

Trong đó, 6 người bị cáo buộc phạm tội Vi phạm quy định về kế toán gây hậu quả nghiêm trọng gồm: Nguyễn Thị Hòa, Giám sát kế toán của 3 doanh nghiệp nói trên (đang bỏ trốn); Nguyễn Đăng Thuyết, Tổng Giám đốc Công ty Thành An Hà Nội (đang bỏ trốn) và vợ là Nguyễn Nhật Linh, Phó tổng giám đốc; Đỗ Thị Hoa, kế toán trưởng; 2 bị can thuộc Công ty TNHH Thiết bị y tế Danh gồm Nguyễn Quý Khái (giám đốc), Bùi Thị Mai Hương (kế toán trưởng).

Ngoài ra, 32 người bị đề nghị truy tố về tội In, phát hành, mua bán trái phép hóa đơn, chứng từ thu nộp ngân sách Nhà nước theo khoản 1, khoản 2 Điều 203 với khung hình phạt tiền hoặc phạt tù tối đa 5 năm.

Theo cáo trạng, 3 công ty Thành An Hà Nội, Thiết bị y tế Danh, Thiết bị y tế Tràng Thi đều lập hai hệ thống sổ sách kế toán có tên là "nội bộ" và "thuế", được sử dụng trên phần mềm kế toán FAST để theo dõi thu, chi.

Hệ thống nội bộ được 3 doanh nghiệp dùng chung, phản ánh các số liệu thực tế liên quan đến hoạt động kinh doanh từ năm 2017 - 2022. Từ ngày 30/6/2022, mỗi công ty sử dụng riêng một hệ thống sổ sách kế toán nội bộ để hạch toán riêng hoạt động kinh doanh của mình.

Còn hệ thống sổ kế toán thuế phản ánh các số liệu, chứng từ, các báo cáo tài chính, báo cáo kết quả hoạt động kinh doanh để kê khai, quyết toán thuế, tại mỗi công ty có hệ thống sổ sách quyết toán riêng với cơ quan thuế.

Bộ phận công nghệ thông tin của Công ty Thành An Hà Nội tạo mật khẩu User để truy thông trên cập phần mềm cho Ban Giám đốc Công ty và nhân viên Phòng Kế toán. Phòng Kế toán và Kế toán trưởng phân quyền truy cập cho các nhân viên trong mẫu kế toán được truy cập theo phân công từng mảng công việc.

Căn cứ tài liệu do Cục Thuế TP Hà Nội cung cấp và tài liệu trích xuất từ hệ thống phần mềm FAST của 3 công ty, cơ quan tố tụng xác định trong cùng một kỳ kế toán, 3 công ty đã lập hai hệ thống sổ kế toán tài chính có số liệu không đồng nhất. Trong đó, số liệu về tổng tài sản, tổng nguồn vốn, tổng lợi nhuận trước thuế trong các năm từ 2017 đến hết năm 2022 có sự chênh lệch rất lớn, phản ánh không đúng thực tế về hoạt động kinh doanh và số liệu kế toán.

Theo đó, chênh lệch về tổng tài sản và nguồn vốn 4.286 tỷ đồng; chênh lệch về lợi nhuận trước thuế 2.092 tỷ đồng.

Giám định Cục Thuế TP Hà Nội cho thấy, các Công ty Thành An Hà Nội, Công ty Danh, Công ty Tràng Thi đã sử dụng 19.167 số hóa đơn khống để kê khai khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) hàng hóa dịch vụ mua vào dẫn đến làm giảm tiền thuế GTGT phải nộp, gây thiệt hại cho ngân sách hơn 62 tỷ đồng.

Về thuế thu nhập doanh nghiệp của 3 doanh nghiệp nói trên cũng dùng hóa đơn khống (không có hàng hóa, dịch vụ kèm theo), được mua từ các công ty và của các hộ kinh doanh để hạch toán kế toán khi làm báo cáo tài chính, hạch toán chi phí xác định số thuế phải nộp, gây thiệt hại hơn 680 tỷ đồng.

Tổng số tiền ngân sách Nhà nước bị thiệt hại là 743 tỷ đồng.