Theo Thông tư, đối tượng nộp phí gồm tổ chức, cá nhân sản xuất, kinh doanh, nhập khẩu, xuất khẩu thực phẩmkhi nộp hồ sơ đề nghị cơ quan nhà nước có thẩm quyền thẩm định cấp phép lưu hành, nhập khẩu, xác nhận, công bố trong lĩnh vực an toàn thực phẩm; thẩm định cấp giấy chứng nhận đối với thực phẩm xuất khẩu; thẩm định cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện an toàn thực phẩm; thẩm định nội dung kịch bản phim, chương trình trên băng, đĩa phần mềm, trên các vật liệu khác và tài liệu trong quản cáo thực phẩm, phụ gia thực phẩm, chất hỗ trợ chế biến thuộc lĩnh vực y tế...

Theo quy định tại Thông tư số 67/2021/TT-BTC, trường hợp tổ chức thu phí là đơn vị sự nghiệp công lập hoặc cơ quan nhà nước được khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí được để lại 70% số tiền phí thu được, để trang trải chi phí cho các nội dung chi theo quy định; nộp 30% tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước.

Trường hợp tổ chức thu phí là cơ quan nhà nước không được khoán chi phí hoạt động từ nguồn thu phí theo quy định phải nộp toàn bộ số tiền phí thu được vào ngân sách nhà nước. Nguồn chi phí trang trải cho hoạt động cung cấp dịch vụ và thu phí do ngân sách nhà nước bố trí trong dự toán của tổ chức thu theo chế độ, định mức chi ngân sách nhà nước.

Các mức phí thẩm định cấp phép lưu hành, nhập khẩu, xác nhận, công bố trong lĩnh vực an toàn thực phẩm được ban hành kèm theo Thông tư.

Cụ thể, phí thẩm địnhhồ sơ đăng ký bản công bố sản phẩm đối với thực phẩm bảo vệ sức khỏe, thực phẩm dinh dưỡng y học, thực phẩm dùng cho chế độ ăn đặc biệt, sản phẩm dinh dưỡng dùng cho trẻ đến 36 tháng tuổi là 1,5 triệu đồng/lần/sản phẩm.

Phí thẩm định hồ sơ đăng ký bản công bố sản phẩm đối với phụ gia thực phẩm hỗn hợp có công dụng mới, phụ gia thực phẩm không thuộc trong danh sách mục phụ gia được phép sử dụng trong thực phẩm hoặc không đúng đối tượng sử dụng do Bộ Y tế quy định là 500.000 đồng/lần/sản phẩm. 

Phí xác nhận lô hàng thực phẩm nhập khẩu (chưa bao gồm chi phí kiểm nghiệm) đối với kiểm tra thông thường là 300.000 và kiểm tra chặt chẽ từ 1 triệu đồng đến 10 triệu đồng/lô (tùy vào số mặt hàng).

Phí thẩm định cấp giấy chứng nhận đối với thực phẩm xuất khẩu (Giấy chứng nhận lưu hành tự do, giấy chứng nhận xuất khẩu, giấy chứng nhận y tế) là 1 triệu đồng/lần/giấy.

Phí thẩm định điều kiện hành nghề, kinh doanh thuộc lĩnh vực an toàn thực phẩm từ 500.000 – 28,5 triệu đồng/lần.

Phí thẩm định nội dung kịch bản phim, chương trình trên băng, đĩa phần mềm, trên các vật liệu khác và tài liệu trong quản cáo thực phẩm, phụ gia thực phẩm, chất hỗ trợ chế biến thuộc lĩnh vực y tế là 1,1 triệu đồng/lần/sản phẩm.